شناسایی گونه‌های جدید کرونا به کمک آنالیز فاضلاب
- ایرنا نوشت: یونایتدپرس، محققان در انگلیس به طور منظم DNA صد‌ها نمونه کووید-۱۹ را به صورت هفتگی توالی یابی می‌کنند. از زمان تشکیل «کنسرسیوم ژنومیک کووید-۱۹ انگلیس» در هفته‌های ابتدایی این همه گیری، سابقه ژنتیکی بیش از ۱۵۰ هزار نمونه ویروسی در این پروژه ردیابی شده است.
این درحالی است که در کشور‌های دیگر جهان، تلاش برای نظارت بر ژنوم محدود است. به عنوان مثال در آمریکا، بیمارستان ها، بخش‌های بهداشتی و آزمایشگاه‌ها در حال آزمایش و معالجه بیماران هستند و در عین حال یک تلاش بی سابقه را برای واکسیناسیون تسهیل می‌کنند.
ظهور گونه‌ای از ویروس کرونا که به اعتقاد محققان از گونه‌های دیگر این ویروس مسری‌تر است، مقامات بهداشتی را به سمت کشف روش‌های جدید برای ردیابی گسترش جهش‌های مهم ویروسی سوق داده است.
اکنون محققان دانشگاه «کالیفرنیا-برکلی» روشی جدید برای جداسازی گونه‌های منحصر به فرد ویروسی در میان میلیون‌ها میکروب دیگر ابداع کرده اند. «کارا نلسون» استاد مسائل مدنی و زیست محیطی در برکلی و محقق ارشد این مطالعه، در یک خبرنامه نوشت: روشی که برای پردازش اطلاعات توالی یابی نیاز داریم پیچیده است. یکی از نکات برجسته این مقاله، توانایی تهیه نمونه برای توالی یابی از فاضلاب است.
وی افزود: در این روش به جای توالی یابی مستقیم همه چیز‌های موجود، از یک روش غنی سازی استفاده می‌کنیم که ابتدا RNA مورد نظر را غنی می‌کند. سپس یک رویکرد جدید آنالیز بیوانفورماتیک را ابداع کردیم که به اندازه کافی برای تشخیص یک اختلاف منفرد نوکلئوتیدی حساس است.
محققان در این مطالعه ژنوم‌های جهش‌های مختلف کووید-۱۹ را در فاضلاب شهر سن فرانسیسکو توالی یابی کردند. نتایج این تجزیه و تحلیل‌ها سطوحی از رایج‌ترین گونه‌های کووید-۱۹ را نشان داد که مشابه گونه‌هایی بود که توسط تلاش‌های توالی یابی بالینی شناسایی می‌شوند.
علاوه بر این، محققان توانستند وجود انواع خاصی از کووید-۱۹ را شناسایی کنند که در سایر مناطق آمریکا یافت شده، اما هنوز به صورت محلی کشف نشده است. اکنون محققان امیدوارند که این روش جدید توالی یابی بتواند توسط مقامات بهداشتی این کشور برای ردیابی گسترش گونه‌هایی مانند B.۱.۱.۷ - گونه مسری تری که در ماه‌های اخیر به سرعت در سراسر انگلیس گسترش یافته است، مورد استفاده قرار گیرد.
مشروح این مطالعه در مقاله‌ای در مجله mBio منتشر شده است.