پسر مسعود رجوی افشاگری کرد
محمد رجوی چند سال پیش به دلیل اعتراضاتی و انتقادات تندی که علیه سازمان منافقین بیان می‌کرد، توسط نیرو‌های این سازمان بازداشت و به مکانی نامعلوم برده می‌شود و پس از بازجویی و شکنجه، مدتی بعد از زندان آزاد شده و به خانه‌ای امن در اردوگاه اشرف منتقل می‌شود تا تحت الحفظ بماند و سازمان بتواند در مدتی مشخص برای وضعیت او، تعیین تکلیف کند.
محمد رجوی پس از انتقال به خانه‌ی امن سازمان منافقین، موفق می‌شود که در یک فایل صوتی، به‌صورت مخفیانه وضعیت خود را ضبط کرده و فایل را برای یکی از دوستانش در سازمان که او هم منتقد رفتار‌های سازمان بوده، ارسال کند. محمد رجوی به وی اعلام کرده بود که «این‌ها قصد دارند مرا از بین ببرند، در صورتی که خبری از من نیافتی و مطئن شدی که مرا کشته‌اند، این فایل را منتشر کن.»
حالا بعد از چند سال، فرد مورد اعتماد پسر مسعود رجوی، به دلیل عدم اطلاع از وضعیت دوست صمیمی‌اش، فایل صوتی افشاگری وی علیه سازمان منافقین را منتشر کرده است.
او در این افشاگری می‌گوید: «رهبران مجاهدین برای سفیدسازی جرائمی که در حق من مرتکب شدند، من را وادار به نوشتن اعترافات دروغین علیه خویش نمود‌ه‌اند.»
محمد رجوی؛ تنها بازمانده‌ی عملیات بزرگ «ضربه زعفرانیه»
روز ۱۹ بهمن ماه سال ۱۳۶۰، وقتی خانه تیمی موسی خیابانی یا همان مرکز فرماندهی ترور‌های منافقین در تهران ضربه خورد، خیابانی که نفر دوم سازمان منافقین بود، به‌همراه اشرف ربیعی، همسر مسعود رجوی و حدود ۲۰ نفر دیگر از نیرو‌های رده‌های بالای سازمان در جریان درگیری با نیرو‌های امنیتی سپاه پاسداران کشته شدند.
آن عملیات یک بازمانده هم داشت و آن هم کودکی بود که در تصویر بالا در آغوش شهید لاجوردی است. «مصطفی رجوی» فرزند مسعود رجوی سرکرده منافقین تنها بازمانده این عملیات بود که با فداکاری یک پاسدار نجات یافت. شهید لاجوردی دادستان وقت تهران، در حالی که مصطفی رجوی را در آغوش داشت، در مقابل دوربین صداوسیما به توضیح عملیات پرداخت و خطاب به پدربزرگ کودک (پدر مسعود رجوی)، گفت که برای تحویل گرفتن کودک می‌تواند به دادستانی مراجعه کند.
مصطفی رجوی به پدربزرگش در مشهد تحویل داده شد و منافقین به دستور مسعود رجوی بعد از چند سال او را به‌صورت پنهانی از کشور خارج کرده و به فرانسه منتقل کردند. مصطفی بعد از ورود به فرانسه در تشکیلات منافقین به نام «محمد رجوی» شناخته می‌شد. او در همان‌جا تا مدتی تحصیل کرد تا اینکه با دستور پدرش به پادگان اشرف در عراق منتقل شد.
بعد از شکست سنگین منافقین در عملیات مرصاد و در زمان جنگ کویت، رجوی به بهانه خطر جنگ برای کودکان، آن‌ها را از خانواده‌ها جدا کرد و به اروپا برد و در پانسیون‌های متعلق به سازمان نگهداری کرد. سال‌ها بعد زمانی که پادگان اشرف با بحران نیرو مواجه بود، این بچه‌ها را که عموماً در دوره پایان نوجوانی بودند به اشرف بازگرداند. در این بین، محمد را هم که هیچ‌گاه دلش نمی‌خواست به پادگان اشرف در بیابان‌های عراق برود، همراه آن‌ها به اشرف برد.
حضور محمد (مصطفی) رجوی در پادگان اشرف یک استفاده بزرگ برای مسعود رجوی داشت و می‌خواست بگوید من استثنایی قائل نیستم و پسر خودم را هم به پادگان اشرف آوردم. محمد با ورود به پادگان اشرف آن‌چنان ناراضی بود که از همان روز‌های اول سر ناسازگاری گذاشت و سرکردگان رده‌بالای سازمان نیز برای پنهان کردن نارضایتی وی از مناسبات فرقه‌ای درون منافقین و اختلاف با پدرش او را در خانه‌ای جدا در پادگان اشرف جای داده بودند و انواع و اقسام امکانات را با این هدف که وی را راضی نگه‌دارند، در اختیارش گذاشتند.
فرزند رجوی که از بریده‌گان سازمان به حساب می‌آید، یک بار با همراهی چند تن از دوستان هم سن و سال خودش همراه با یک خودروی سنگین نظامی شبانه به سیم‌خاردار‌های اطراف پادگان اشرف زد و در حالی که سعی داشت از سقف کامیون به آن‌سوی سیم‌های خاردار بپرد، توسط یکی از محافظین دستگیر شد. نفرات همراه محمد همگی به انفرادی منتقل شدند و به‌شدت تحت‌فشار کتک و شکنجه قرار گرفتند، اما وی صرفاً به محل اقامت خودش منتقل و آنجا محبوس ماند.
بعد از سقوط صدام و ورود آمریکایی‌ها به عراق، آمریکایی‌ها به سراغ اشرف و ساکنان آن نیز آمدند تا هم از وضعیت پادگان اشرف و هم‌ظرفیت ساکنان آن برای به‌کارگیری در عراق مطلع شوند، اما به گفته اعضای جداشده سازمان، مترجم فارسی آمریکایی‌ها چند بار خواهان صحبت نظامیان آمریکایی با پسر مسعود رجوی شد، اما با مخالفت شدید سرکردگان سازمان روبه‌رو می‌شد.
بعد از خروج منافقین از کمپ اشرف، محمد رجوی با منافقین به لیبرتی منتقل شد و در مراحل انتقال به کشور آلبانی، از عراق خارج شد و به نروژ فرستاده شد. محمد در نروژ از یک‌سو دیگر یک نوجوان نبود که با فشار و محدودسازی سرکردگان سازمان امکان صحبت کردن علیه تشکیلات منافقین را نداشته باشد. از سوی دیگر نیز ترس از تصمیم سازمان به حذف او که البته برای منافقین مسئله دور از ذهنی نیست و محمد نیز به دلیل زندگی در اشرف با این مسئله آشنایی کامل دارد، باعث شد تا فقط چند بار آن‌هم به‌صورت مختصر به انتقاد از سازمان بپردازد.
انتقادات او، واکنش سازمان را به این صورت دربرداشت که شرایط راحت‌تری را برای زندگی او در نروژ فراهم کنند. از حقوق چند هزار دلاری ماهانه تا خرج بالای تحصیلش دریکی از دانشگاه‌های معتبر نروژ از جمله امکاناتی بود که سازمان برای ساکت کردن پسر رجوی پرداخت می‌کرد، اما این‌ها موجب نشد تا از انتقاداتش نسبت به سازمان و شکنجه نیروها، دست بردارد.