امام مرتب می‌پرسیدند: آقاسیدعلی چطورند؟
آیت‌الله خامنه‌ای نیز با توجه به نقش برجسته‌ای که در اداره و پیشبرد اهداف انقلاب داشتند، در همان ایام مورد سوء قصد منافقین قرار گرفتند.
اقدامات مسلحانه منافقین از ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ شروع شده بود و در آن مقطع زمانی خطر ترور توسط عناصر کوردل منافق، اکثر مسئولان و مقامات نظام را تهدید می‌کرد؛ سه‌شنبه دوم تیرماه ۱۳۶۰ آیت‌الله خامنه‌ای در مراسم بزرگداشت شهید چمران در مدرسه‌ی عالی شهید مطهری سخرانی کردند؛ این مراسم در امنیت کامل برگزار شد، اما در پایان مراسم وقتی خیل عظیم جمعیت گرداگرد ایشان حلقه زده بودند، یک فرد که احتمال داده می‌شد از عناصر منافق باشد سعی می‌کند خود را نزدیک کند که ناتوان می‌ماند و تنها با تیغ موکت بری یکی از محافظان را مجروح می‌کند.
خطبه‌های روشنگرانه آیت‌الله خامنه‌ای در ۵ تیر ۱۳۶۰
۵ تیر ۱۳۶۰، آیت الله خامنه‌ای در خطبه‌های نماز جمعه پیرامون گروهک منافقین روشنگری می‌کنند و می‌فرمایند: «شما هستید که بعد از آنی که از پدر و مادر‌های مسلمانی متولد شدید به طرف کفر رفتید. کتاب‌های شما در دست است، مبانی مارکسیستی و الحادی و کفرآمیز در حرف‌ها و کتاب‌ها و عمل شما مشهود است، شما مرتجعید، شما مرتدید؛ شما هستید که در زندان و در خارج زندان بار‌ها و بار‌ها دوریتان از اسلام بر عناصر مبارز انقلابی مسلمان ثابت شد.
بهانه‌ی ارتجاع را به دست می‌گیرید که با جمهوری اسلامی بجنگید؟ اشتباه کردید، کور خواندید؛ این شواهد محکومیت شماست که همه‌ی دنیا و همه‌ی تاریخ در آینده به این‌ها خواهند رسید. شما نامتان هم در تاریخ نمی‌ماند، اما اگر بماند با لعن و نفرین همگانی خواهد ماند. برای خاطر این‌که یک انقلابی با این همه خونِ دل پیروز شد و امامی و رهبری با چهره‌ی استثنائی در تاریخ ما این انقلاب را هدایت کرد و امتی با این رشادت و این ازخودگذشتگی پایه‌های این انقلاب را با همه‌ی موجودی خودش مستحکم کرد، آن وقت شما چهار نفر خودخواهِ جاهل جاه‌طلب پرمدعا آمدید دارید محصول این همه تلاش و کوشش را می‌خواهید مورد تهدید قرار بدهید و مزاحمت می‌کنید و ایذاء می‌کنید، تاریخ به شما لعن و نفرین خواهد فرستاد».
سخنرانی حضرت آقا در مسجد ابوذر در ۶ تیر ۱۳۶۰
فردای روشنگری‌های آیت الله خامنه‌ای در باب منافقین، مراسم سخنرانی ایشان در مسجد ابوذر برقرار است؛ ایشان نماینده امام (ره) در شورایعالی دفاع است و خلبان عباس بابایی خود را پیش از نماز ظهر به مسجد ابوذر رسانده تا در باب مسائل جنگی با آیت الله خامنه‌ای مشورت کند.
نماز ظهر که به امامت آیت‌الله خامنه‌ای در مسجد ابوذر به پایان رسید، ایشان برای سخنرانی در پشت تریبون قرار گرفتند؛ یک جوان با قد متوسط و مو‌های فر و کت و پیراهن چهارخانه، ضبط صوتی را روی تریبون درست در مقابل قلب آیت‌الله خامنه‌ای قرار داد؛ یک دقیقه نگذشت که بلندگو شروع کرد به سوت کشیدن. آیت الله خامنه‌ای همین‌طور که صحبت می‌کردند، گفتند: «آقا این بلندگو را تنظیم کنید.» بعد خودشان را به سمت چپ کشیدند و از پشت تریبون کمی عقب آمدند و به صحبت ادامه دادند: «در زمان امیرالمؤمنین، زن در همه‌ی جوامع بشری -نه فقط در میان عرب‌ها- مظلوم بود. نه می‌گذاشتند درس بخواند، نه می‌گذاشتند در اجتماع وارد بشود و در مسائل سیاسی تبحر پیدا بکند، نه ممکن بود در میدان‌های... انفجار!
آقا که هنگام سخنرانی رو به جمعیت و پشت به قبله بودند، با یک چرخش ۴۵ درجه‌ای به طرف چپ جایگاه افتادند. اولین محافظ خودش را بالای سر آقا رساند. مسجد کوچک بود و همان یک محافظ، به تنهایی تلاش کرد که آقا را بیاورد بیرون.
امام جماعت، متحیر وسط مسجد مانده بود. چشمش به یک ضبط صوت افتاد که مثل یک کتاب، دو تکه شده بود. روی جداره‌ی داخلی ضبط شکسته، با ماژیک قرمز نوشته بودند «عیدی گروه فرقان به جمهوری اسلامی».
بیرون از مسجد، در آغوش محافظ، لحظاتی به هوش آمدند. سرشان را آوردند بالا، اما زود سرشان افتاد. محافظ‌ها بلیزر سفید را انگار که ترمز نداشت، با سرعتی غیر قابل تصور می‌راندند.
در مسیر بیمارستان، هر وقت به هوش می‌آمدند، زیر لب زمزمه‌ای می‌کردند؛ شهادتین می‌گفتند. لب‌ها و چشم‌ها تکان می‌خوردند؛ خیلی کم البته.
در خیابان قزوین، خودرو به یک درمانگاه کوچک رسید. پنج نفر آدم با قیافه‌ی خون‌آلود و اسلحه به دست، وارد درمانگاه شدند و آقا را روی دست این طرف و آن طرف بردند.
با آن صورت خون‌آلود، کسی امام جمعه‌ی شهر را نشناخت. دکتری با گوشی دکتری ضربان قلب را گرفت: «نمی‌شود کاری کرد.» محافظ‌ها با سرعت به سمت در خروجی رفتند. پرستاری که تازه از راه رسیده بود، پرسید: «ایشان کی هستند؟ دارند تمام می‌کنند» اسم آقای خامنه‌ای را که شنید، گفت: «ببریدشان بیمارستان؛ اما یک کپسول اکسیژن هم با خودتان ببرید.»
انگار کسی صدای آن پرستار را نشنید. کپسول را برداشت و خودش را به ماشین رساند. «آقا این کپسول لازمتان است.» کپسول اکسیژن و پایه‌ی آهنی چرخدار را نمی‌شد برد توی ماشین.
پایه‌های کپسول را تکیه دادند روی رکاب ماشین، پرستار هم نشست بالای سر آقا. در تمام راه، ماسک اکسیژن را روی صورت آقا نگه داشت و به همه دلداری داد.
یکی از محافظ‌ها پرسید: «حالا کجا برویم؟!» پرستار گفت: «بیمارستان بهارلو، پل جوادیه». ماشین انگار ترمز نداشت.
محافظ بیسیم را برداشت. کُدشان «حافظِ هفت» بود. «مرکز ۵۰- ۵۰»؛ این رمزِ آماده‌باش بود، یعنی حافظ هفت مجروح شده. کسی که پشت دستگاه بود، بلند زد زیر گریه.
محافظ یک دفعه توی بیسیم گفت: «با مجلس تماس بگیر.» اسم دکتر فیاض‌بخش و چند نفر دیگر از پزشک‌های مجلس را هم گفت؛ «منافی، زرگر، ... بگو بیایند بیمارستان بهارلو.»
ماشین را از در عقب بیمارستان بردند توی محوطه. برانکارد آورند و آقا را رساندند پشت در اتاق عمل. دکتر محجوبی از همدان آمده بود بیمارستان بهارلو. تازه جراحیش‌را تمام کرده بود. داشت دستش را می‌شست که از اتاق عمل خارج شود. آقا را که با آن وضع دید، گفت: خیلی سریع دوباره اتاق عمل را آماده کنند.
سمت راست بدن پر از ترکش بود و قطعات ضبط صوت. قسمتی از سینه کاملاً سوخته بود. دست راست از کار افتاده بود و ورم کرده بود. استخوان‌های کتف و سینه به راحتی دیده می‌شد. ۳۷ واحد خون و فراورده‌های خونی به آقا زدند. این همه خون، واکنش‌های انعقادی را مختل کرد. دو سه بار نبض افتاد. چند بار مجبور شدند پانسمان را باز کنند و دوباره رگ‌ها را مسدود کنند.
کیسه های خون را از هر دو دست و هر دو پا به بدن تزریق می‌کردند، اما باز هم خون‌ریزی ادامه داشت.
یک‌دفعه یکی از دکتر‌ها دست از کار کشید. دستکشش را درآورد و گفت: «دیگر تمام شد.» بی‌راه نمی‌گفت؛ فشار تقریباً صفر بود. یکی دیگر از دکتر‌ها به او تشر زد که چرا کشیدی کنار؟
فشار کم‌کم بالا آمد و دوباره شروع کردند. دکتر منافی، همان‌طور که می‌آمد بیمارستان بهارلو، تلفن زده بود که دکتر سهراب شیبانی، جراح عروق و دکتر ایرج فاضل هم بیایند. آقای بهشتی هم دکتر زرگر را خبر کرده بود.
دکتر محجوبی که حال و روز دکتر زرگر را دید، گفت: «نگران نباش، من خون‌ریزی را بند آورده‌ام.»
عمل تا آخر شب طول کشید، اما دیگر نمی‌شد درمان را آن‌جا ادامه داد. کنترل امنیتی بیمارستان بهارلو مشکل بود. تنها بیمارستانی هم که می‌شد بعد از عمل مراقبت‌های لازم را به عمل آورد، بیمارستان قلب بود. آن موقع رئیس بیمارستان قلب دکتر میلانی‌نیا بود. چند ماه بعد، نام همین بیمارستان را گذاشتند «بیمارستان قلب شهید رجایی».
هلی‌کوپتر خبر کردند. نمی‌توانستند بیمار را از میان ازدحام مردم نگران بیرون ببرند. محافظ پشت بیسیم گفته بود که قلب ایشان صدمه دیده؛ رادیو هم همین را اعلام کرده بود. مردم نگران بودند که نکند قلب ایشان از کار افتاده باشد، آمده بودند و می‌گفتند «قلب ما را بردارید و به ایشان بدهید.»
با هزار ترفند، هلی‌کوپتر را وسط میدان بیمارستان نشاندند، تا برسند به بیمارستان قلب، خط مونیتور وضعیت نبض، دو بار ممتد شد.
دکتر‌ها می‌گفتند آقا چند مرتبه تا مرز شهادت رفته‌و برگشته. یک‌بار همان انفجار بمب بود، یک‌بار خون‌ریزی بسیار وسیع و غیر قابل کنترل بود، یک‌بار هم جمع شدن پروتئین‌ها در ریه و حالت خفگی. همه‌ی این‌ها گذشت، اما بیمار تب و لرز شدیدی داشت. چند پتو می‌انداختند روی‌آقا.
گاهی حتی دکتر‌ها بغلشان می‌کردند تا لرز را کمتر کنند. معلوم نبود منشأ این تب‌ها کجاست؟ ضایعه‌ی کوچکی هم در ریه دیده بودند.
آقا لوله‌ی تنفس داشتند و نمی‌توانستند حرف بزنند. خودشان کاملاً حس کرده بودند که دست راستشان کار نمی‌کند. اولین چیزی که با دست چپ نوشتند، دوتا سؤال بود؛ «همراهان من چطورند؟» «مغز و زبان من کار خواهد کرد یا نه؟»
دکتر باقی روی سطحی از پوست بدن کار می‌کرد که برای ترمیم و پیوند به قسمت‌های آسیب‌دیده برداشته بودند. زخم‌ها زیاد بودند. درد زخم‌ها خیلی زیاد بود، اما دکتر‌ها می‌گفتند تحمل‌آقا زیادتر است. می‌گفتند «اصلاً مسکّن‌ها به حساب نمی‌آیند.»
امام مرتب پیغام می‌دادند و از اطرافیان می‌پرسیدند که: «آقاسیدعلی چطورند؟» پیامشان ساعت دو بعد از ظهر پخش شد. دکتر میلانی‌نیا رادیو را گذاشت بیخ گوش آقا. آن‌موقع ایشان به هوش بودند؛ روح تازه‌ای انگار در وجودشان دمید، جان گرفتند.
حالشان بهتر بود، اما هنوز قضیه‌ی هفتاد و دو تن را نمی‌دانستند. از تلویزیون آمدند که گزارش تهیه کنند. یک ساعتی معطل شدند تا آقا به هوش آمد. پرسیدند حالتان چطور است؟ گفتند: «من بحمدالله حالم خیلی خوب است» و شعر رضوانی شیرازی را خطاب به امام خواندند:
«بشکست اگر دل من به فدای چشم مستت سر خُمِّ می‌سلامت شکند اگر سبویی»
آقای هاشمی می‌گفت: «اگر یک روز از حال آقا باخبر نباشم، احساس می‌کنم چیزی کم دارم.» برای همین مرتب از ایشان احوال‌پرسی می‌کرد. حاج احمدآقا هم همین‌طور؛ مرتب احوال می‌پرسیدند و روزانه به حضرت امام خبر می‌دادند.
کم‌کم به اطرافیان فشار می‌آوردند که: «آقاجان من باید از وضع کشور اطلاع پیدا کنم. شما هم رادیو را از من گرفته‌اید، هم تلویزیون را.» دکتر‌ها بهانه می‌آوردند که امواج رادیویی، دستگاه‌های درمانی ما را به‌هم می‌ریزد و عملکردشان را مختل می‌کند!
خیلی از چهره‌های انقلاب برای عیادت می‌آمدند، اما آقا مرتب از شهید بهشتی می‌پرسیدند: «چرا همه می‌آیند، اما ایشان نمی‌آید؟» شک کرده بودند که یک خبر‌هایی هست.
دور و بری‌ها هم مانده بودند که چطور به ایشان بگویند. دکتر منافی گفت: بهترین راه این است که بگوییم حاج احمدآقا و آقایان رجایی و باهنر و هاشمی رفسنجانی بیایند و کم‌کم ایشان را مطلع کنند. جمع شدند، اما باز هم نتوانستند بگویند. گفتند فقط یکی‌دو نفر شهید شده‌اند.
آقا از جمع آن شهید‌ها به دو نفر خیلی علاقه داشت؛ دکتر بهشتی و محمد منتظری. اولین کسی هم که به بیمارستان بهارلو آمده بود، محمد منتظری بود. آقا اول پرسیدند آقای بهشتی چطورند؟ گفتند یک‌مقدار پاهایش مجروح شده است. آقایان که رفتند، ایشان رو کردند به دکتر میلانی‌نیا و پرسیدند شما از حال ایشان خبر داری؟
دکتر گفت: «بله، از وضعشان باخبرم.» پرسیدند: «مراقبت جدی از حال ایشان می‌شود؟ آن‌جا هم سر می‌زنید؟» بعد هم دکتر را سؤال‌پیچ کردند. دکتر میلانی‌نیا با بغض از اتاق زد بیرون. دوباره که آمد، آقا را دید که بچه‌های همراه را جمع کرده‌اند و ازشان بازجویی می‌کنند. دکتر دست و رویش را شسته بود. نشست و یکی یکی اسم همه‌ی شهدای حزب را به آقا گفت.